1912. június 30-án született Erdélyben, a Hunyad vármegyei Szentgyörgyvályán (ma: Valea Sangeorgiului, Románia), életét, művészetét a szülőföldjén szerzett élmények határozták meg. Apja katonai pályára szánta, el is végezte a Ludovika Akadémiát, a katonaság azonban nem érdekelte. Festészeti tanulmányok és egy filmes tanfolyam után a Hunnia filmgyárba, majd Zilahy Lajos Pegazus filmvállalatához került. Már első rövidfilmje, az 1940-ben készített Látogatás Kisfaludy Stróbl Zsigmond műtermében vihart kavart: bemutatta ugyanis a művész G. B. Shaw-ról mintázott portréját is, amit a cenzúra kifogásolt, mert a második világháború kitörése után az ország ellenséges viszonyban volt Angliával. Végül azzal győzte meg a hivatalt, hogy Shaw ír és nem angol, így engedélyezték a film forgalmazását.

Magyarország 1941-es hadba lépése után rövid ideig a második bécsi döntéssel visszakerült szülőföldjén katonáskodott, de művészi tevékenysége miatt hamarosan felmentették a szolgálat alól. Ekkoriban került a kezébe Nyírő József műve, a Havasok könyve, ennek alapján forgatta 1941-ben első játékfilmjét Emberek a havason címmel. A Szellay Alice és Görbe János főszereplésével eredeti helyszíneken, természetes közegben forgatott alkotás szakmai körökben fanyalgást, vitákat váltott ki, az Országos Nemzeti Filmbizottság mégis benevezte az 1942. évi Velencei Filmfesztiválra. Itt a nézők és a kritikusok is kitörő lelkesedéssel fogadták, megkapta a legjobb rendezőnek járó díjat. "Földszagú realizmust" árasztó művében a születő olasz neorealizmus képviselői az irányzat kelet-európai megtestesülését ünnepelték.

Emberek a havason

1943-ban Szőts Film néven saját filmvállalatot alapított, és a Nemzeti Filmbizottságnál pályázott Móra Ferenc Ének a búzamezőkről című regényéből írt forgatókönyvvel, de elutasították, kudarcot vallott Jókai Mór Melyiket a kilenc közül? című karácsonyi történetével is, mert az író örököse, az Angliában élő Grósz Bella nem adta el a jogokat a "fasiszta Magyarországnak". Foglalkoztatta a Beszterce ostroma című Mikszáth- és a Magdaléna két élete című Herczeg Ferenc-regény megfilmesítése is, de a német megszállás keresztülhúzta terveit. Ebben az időszakban egyedül a Kádár Kata című rövidfilmet forgatta 1943-ban, Kodály Zoltán zenéjével.

Már 1945-ben felvetette egy országos hatókörű filmarchívum megalakulásának szükségességét: „Feltétlenül szükséges egy filmtéka felállítása, ahol a néma filmektől a legújabb filmalkotásokig rendelkezésre állnak és vetíthetők a filmek. Filmkönyvtár és szakfolyóiratgyűjtemény is könnyebben berendezhető, mert sajnos, a film egész eddigi irodalma pár könyvespolcon elfér…”

 1945 áprilisában saját költségén, ezerötszáz példányban jelentette meg Röpirat a magyar filmművészet ügyében címmel a magyar filmgyártás reformjának tervét. Háromszáz példányt a kultúrpolitika vezetőihez juttatott el, de még válaszra sem méltatták. Az Emberek a havason indexre került Nyírő József politikai szerepvállalása miatt. 1947-ben még elkészíthette az Ének a búzamezőkről című filmjét Görbe János és Szellay Alice főszereplésével, de ennek is sanyarú sors jutott. A regény írójára ezúttal nem lehetett hivatkozni, narodnyiknak és klerikálisnak, sőt a rendszer fő ellenségének számító Mindszenty bíborost támogatónak minősítették alkotását, amely a kommunisták által szorgalmazott kollektivizálással sem állt összhangban. Az Ének a búzamezőkről sorsa akkor pecsételődött meg, amikor Rákosi Mátyás a búzaszentelést ábrázoló első képsoroknál elhagyta a vetítőt. A kópiákat lefoglalták, a filmet betiltották, legközelebb 1968-ban a Budapesti Műszaki Egyetem filmklubjában vetítették, a szélesebb nyilvánosság elé a rendszerváltás idején került.
    

Szőts István az 1990-es Filmszemle zsűrijének elnökeként (MTI Fotó: Friedmann Endre)

Teljesen kiszorult a filmszakmából, koholt politikai vádakkal szemben is védekeznie kellett, ideje jelentős részében kérvényeket, beadványokat írt, többnyire hiába. Csak 1956-ban forgathatott újra, a Melyiket a kilenc közül? című rövidfilm az 1957-es velencei filmfesztiválon ismét díjat nyert. Saját költségén kísérte ki filmjét Velencébe, ahonnan már nem tért haza. 1959-től kultúrfilmeket készített Ausztriában, egyebek között a bécsi Szent István-székesegyházról, Gustav Klimt és Egon Schiele festőkről, évekig filmrendezést tanított az Osztrák Filmakadémián. A hetvenes évektől kezdve haláláig gyakran látogatott Magyarországra.

Életművéért 1992-ben Kossuth-díjat kapott, 1994-ben a Magyar Köztársaság középkeresztjét vehette át. 1998. november 5-én halt meg Bécsben, hamvait – végakaratának megfelelően – a budapesti Farkasréti temetőben, édesanyja sírjában helyezték el. Az Emberek a havason restaurált változatát 2014-ben mutatták be, az Ének a búzamezőkről című filmjét 2015-ben újították fel.